支付宝基金卖出持有只能收回一部分的原因有很多，常见的原因有：

只能卖出可用的份额，新买入的基金当日确认的，当日是不能卖出的；

卖出的基金份额，超出了基金公司限制了最大交易份额；

货币基金是每个交易日分配收益的，如果在当日未分配收益之前卖出，这部分收益是还没有到账的，所以也不能全部卖出；

投资者把份额当成了金额。